Il Giudaismo e il Cristianesimo
L'esistenza di una comunità ebraica ad Ostia, già documentata dalle fonti epigrafiche, è stata comprovata dalla straordinaria scoperta di una sinagoga. L'edificio attuale risale al IVe s., ma si tratta di un ampliamento di un edificio precedente del I s. d. C. Affacciata sull'antica spiaggia, è composta da una grande sala con un pulpito per la lettura della Legge e, orientata verso Gerusalemme, l'edicola della Torà, preceduta da colonne con, sull'architrave, la rappresentazione del candelabro a sette braccia. A fianco si trova una stanza di servizio con tavola e forno per la preparazione delle azzime.
Ostia fu la prima diocesi suburbicaria della Chiesa, il che dimostra la sua importanza per il Cristianesimo: il vescovo di Ostia consacrava il Papa dopo la sua elezione come ancora oggi. Recentemente è stata trovata nella parte sud della città la cattedrale dell'epoca di Costantino, menzionata dai testi e a lungo cercata. Dopo l'abbandono della città, fu sostituita dalla chiesa di Santa Aurea nel borgo medioevale, dedicata alla nobile romana martirizzata ad Ostia nel III s. insieme al vescovo Ciriaco. 
A fianco fu ritrovato l'epitaffio di santa Monica, madre di Sant'Agostino, morta ad Ostia nel 387. Lungo il cardo, in una ricca domus del IV s, un mosaico rappresenta il simbolo cristiano del pesce in un calice. Del 390 è la magnifica decorazione della domus sul mare, con il Cristo benedicente, ora al Museo dell'Alto Medioevo. Vicino al teatro si trova un oratorio del IV-V s. forse dedicato a San Ciriaco, con un sarcofago raffigurante Orfeo come Buon Pastore. Infine, lungo il decumano, un edificio del V s. è stato identificato come domus ecclesia di una famiglia cristiana, i Trigriniani, da un'iscrizione che menziona i fiumi del Paradiso.